La ayuda directa a las misiones es la razón de ser del Secretariado. Quedaron atrás los tiempos en que los misioneros debían de ocuparse de cultivar la chacra (tierras) de la misión o sacar madera del bosque para su venta, con objeto de sacar fondos para su propio mantenimiento y la financiación de las tareas pastorales. Hoy por hoy es este Secretariado el encargado de subvenir la mayor parte de las necesidades misioneras. Ciertamente los misioneros cuentan con otras ayudas, procedentes de diversos países e instituciones, para proyectos específicos; pero es fundamentalmente el Secretariado quien subvenciona la vida ordinaria de las misiones a través de la financiación de los proyectos presentados.
Conviene dejar señalado que no es el Secretariado con su Junta Directiva, ni siquiera el propio misionero, quien decide la financiación de un proyecto concreto; sino que es el Consejo del Vicariato correspondiente quien evalúa la conveniencia, las características y el presupuesto del proyecto, aprobándolo si lo estiman adecuado y necesario para la vida de la misión, y enviándolo al Secretariado para su financiación.
La financiación en el Secretariado se consigue mediante campañas misioneras, gracias a la generosidad de nuestros colaboradores. Anualmente se realizan dos: una en Navidad y otra en los meses de Mayo y Junio. En ambas, además de solicitar la ayuda económica de nuestros colaboradores, el objetivo es conseguir nuevas personas que colaboren: la del mes de mayo es más pequeña y está dirigida fundamentalmente a la familia dominicana; la de Navidad es nacional y en ella se envían miles de cartas. La realización de estas campañas requiere durante todo el año de la presencia de voluntarios para el diseño y ensobrado de las mismas.
Nuestros socios colaboradores también tienen la opción de apadrinar algún niño o joven de nuestros internados, ayudando al financiamiento de su manutención y estudios. La presencia y dedicación de los misioneros con los internos consigue que estas colaboraciones sean realmente fructíferas.
Otra forma de colaborar en la financiación es mediante la recogida de sellos usados que convenientemente clasificados entregamos a filatélicos voluntarios para sus propios fines o para su venta.
El Secretariado también se ocupa de la gestión de documentación y otras peticiones de los misioneros. Anteriormente se enviaban desde España unas cien cajas mensuales con ropa, libros, medicinas, herramientas, útiles escolares, etc. 
Actualmente, dados los gastos que supone el transporte a Perú y otros problemas que surgen, se ha reducido drásticamente estos envíos, sustituyéndolos por entregas en metálico por un importe cercano a los 100.000 €; con los que se adquieren esos artículos directamente en Perú, República Dominicana y Guinea Ecuatorial, colaborando de esta forma al desarrollo de las industrias autóctonas.
El segundo ámbito de ayuda a las misiones por parte del Secretariado es el envío de voluntarios. La realización de cursos de sensibilización misionera permite preparar adecuadamente a aquellas personas que desean, desde el testimonio de su fe, colaborar en la tarea misionera, sea por un plazo corto en campos de trabajo o por periodos más largos.