Los estatutos del Secretariado señalan los siguientes fines a conseguir:
- Ayudar a los misioneros de la Provincia de España.
- Defender la identidad e integridad vital de los grupos indígenas y demás colectivos empobrecidos que viven en el territorio de los Vicariatos de Perú, República Dominicana y Guinea Ecuatorial, fortaleciendo las estructuras culturales que conduzcan a su plena liberación y a la superación de situaciones de marginación, etnocidio y esclavitud.
- Apoyar la labor de formación y promoción humana y cristiana de los grupos mencionados.
- Subvencionar proyectos de desarrollo en las áreas productivas, educativas, sanitarias y religiosas, en orden a la transformación de todos estos ámbitos según valores y criterios evangélicos.
- Despertar la conciencia social y misionera de la sociedad española y buscar fondos económicos para todos estos fines.
- Dar a conocer la realidad misionera “ad gentes” de la Provincia de España.
- Incrementar las relaciones entre los frailes y comunidades de España y los frailes y comunidades que viven y trabajan en los Vicariatos de Perú, República Dominicana y Guinea Ecuatorial.
Para la consecución de los mismos, el Secretariado realiza una serie de actividades que podemos clasificar en dos categorías: Sensibilización misionera y Ayuda a las misiones.